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Stage à l'UMR Agroécologie, Pôle IPM

Sujet de stage de Master 2 – Année 2016/17

Laboration d’accueil :  UMR Agroécologie (Dijon) – Pôle Interactions plantes-microorganismes– INRA / CNRS / Agrosup / Université de Bourgogne

Encadrant : Karim Bouhidel (03 80 69 34 62 / karim.bouhidel@dijon.inra.fr)

Intitulé : Identification d'interactants de la NADPH oxydase RBOHD au cours de la signalisation induite par la cryptogéine

L’équipe d’accueil s’intéresse aux mécanismes moléculaires qui sont à l’origine de l’activation des réponses adaptatives de défense des plantes. Certains de nos travaux se portent sur la signalisation induite à la membrane plasmique suite à la reconnaissance d’un éliciteur de réactions de défense, la cryptogéine. L’un des événements de signalisation est la production transitoire de formes actives de l’oxygène (FAO) par une NADPH oxydase du plasmalemme appelée RBOHD. Si les rôles multiples de cette signalisation restent encore à éclaircir, nos recherches ont permis de montrer que la production de FAO commande notamment la redistribution latérale et l'internalisation, par voie endocytique, de constituants de la membrane plasmique. Afin de mieux comprendre les mécanismes qui contrôlent la signalisation par les FAO, nous avons entrepris l’identification des protéines interagissant avec RBOHD lors de l’élicitation induite par la cryptogéine, et donc susceptibles de concourir à son activation, son adressage, son recyclage de la membrane plasmique et/ou sa dégradation. L’approche expérimentale développée repose sur l’immunoprécipitation de complexes protéiques natifs contenant RBOHD à l’aide d’anticorps dirigés contre celle-ci, et l’identification, par spectrométrie de masse, des protéines co-immunoprécipitées. L’étudiant accueilli en stage aura pour mission de confirmer l’authenticité des interactions entre une sélection des protéines identifiées par spectrométrie (choisies notamment sur la base de leur fonction putative) et RBOHD, par des approches in vitro et in vivo de type « pull-down » et « complémentation de fluorescence bimoléculaire ». Les résultats de ces travaux pourraient contribuer à l’identification de nouveaux acteurs moléculaires impliqués dans l’immunité des plantes.


Stage à l'UMR Agroécologie, Pôle BIOME

Etablissement d’accueil :        UMR Agroécologie – INRA Dijon

Responsable :                         Philippe Lemanceau

Coordonnées :            Tél: +33 (0)3 80 69 30 56

Fax: +33 (0)3 80 69 32 24

Email: philippe.lemanceau@dijon.inra.fr

 

Sujet de Stage 1:

Intitulé du stage: Implication des microorganismes dans les associations à bénéfice réciproque céréales-légumineuses

 

Maître(s) de stage :    Barbara Pivato

Tel: +33 (0)3 80 69 33 36

Fax : +33 (0)3 80 69 32 24

E-mail: barbara.pivato@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

Les associations céréales-légumineuses permettent d’obtenir des cultures dont la valeur nutritionnelle est accrue (biofortification), suite à des mécanismes de complémentarité et facilitation. Certaines de ces associations, telles que mais/soja, mais/arachide, blé/pois chiche, favorisent une meilleure mobilisation et acquisition de l’N, du P, du Fe et du Zn du sol par la plante.

Compte tenu de leur implication dans les cycles biogéochimique et de leur interaction avec la plante, on pourrait se poser la question si les microorganismes bénéfiques de la rhizosphère, notamment ceux impliqués dans les cycles de l’N, du P et du Fe, pourraient être aussi impliqués dans la biofortification des associations céréales-légumineuses.

Ce projet vise à tester si le microbiote du sol du Domaine Expérimental d’Epoisses (INRA) participe à l’effet bénéfique de l’association blé-pois.

Afin d’apprécier l’impact du microbiote sur l’association, la communauté microbienne indigène du sol sera manipulée afin de diminuer sa biodiversité. Cette étape sera effectuée en inoculant du sol stérilisé avec une suspension du microbiote extraite à partir du même sol, non diluée (biodiversité élevée) ou à différentes dilutions (biodiversité faible). Un essai en serre sera mis en place afin de tester l’impact de la biodiversité microbienne sur l’association blé-pois. Des mesures de biomasse, nombre de nodules, SPAD, voir de teneur en Fe, N et S dans les plantes et dans les graines, seront effectuées, afin de vérifier un éventuel effet de la biodiversité microbienne sur l’association. La composition protéique des graines sera aussi analysée. Avant d’effectuer les cultures et lors de deux prélèvements, des échantillonnages de sol rhizosphérique seront effectués. Après extraction de l’ADN, la biodiversité microbienne sera appréciée par séquençage à haut débit (Illumina MiSeq) des populations bactériennes et fongiques après constructions de banques 16S et 18S rRNA respectivement.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques:

Fort intérêt pour les interactions plantes-microorganismes et la microbiologie moléculaire

 

Publications:

Hinsinger P., Betencourt E., Bernard L., Brauman A., Plassard C., Shen J., Tang X., Zhang F. 2011. P for two, sharing a scarce resource: soil phosphorus acquisition in the rhizosphere of intercropped species. Plant Physiology 156: 1078-1086.

Philippot L., Spor A., Hénault C., Bru D., Bizouard F., Jones C.M., sarr A., Maron P.-A. 2013. Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil. The ISME Journal 7: 1609-1619.

Shirley M., Avoscan L., Bernaud E., Vansuyt G. (2011). Comparison of iron acquisition from Fe – pyoverdine by strategy I and strategy II plants. Botanique 89: 731–735.

Vansuyt G., Robin A., Briat J.-F., Curie C., Lemanceau P. (2007). Iron acquisition from Fe-pyoverdine by Arabidopsis thaliana. Molecular Plant-Microbe Interactions  20 : 441–447.

Xue Y., Xia H., Christie P., Zhang Z., Li L., Tang C. 2016. Crop acquisition of phosphorus, iron and zinc from soil in cereal/legume intercropping systems: a critical review. Annals of Botany, doi: 10.1093/aob/mcv182.


Stage à l'UMR Agroécologie, Pôle GEAPSI

Etablissement d’accueil :        INRA, UMR1347 Agroécologie, Pôle geapsi

Responsable :                         Dr. Christophe Salon

Coordonnées :                        Tél: 0380 69 32 38

Fax: 0380 69 32 63

Email : christophe.salon@dijon.inra.fr

 

Possibilités d’accueil: 1

 

Sujet de Stage 1:

Intitulé du stage: Réduction de saponines dans la graine de Pois (Pisum sativum)

 

Maître(s) de stage :    Richard Thompson

Tél: 0380 69 31 41

Fax: 0380 69 32 63

Email: richard.thompson@dijon.inra.fr

 

Vanessa Vernoud

Tel :0380 69 32 54

Fax :0380 69 32 63

Email : vanessa.vernoud@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

L’objectif du projet est de réduire la teneur en saponines de la graine de pois. Les saponines contribuent au goût amer (vert) des farines de pois qui empêche sa valorisation comme source de protéine dans plusieurs produits transformés. Les saponines sont synthétisées à partir d’un squelette triterpène produit par l’action de l’enzyme β-amyrine synthase. Nous avons identifié des lignées de pois mutées pour cette enzyme, qui seront caracterisées au cours du projet au niveau de l’expression de β-amyrine synthase. Les profils des saponines présents seront également étudiés, ainsi que les sites précis de leur accumulation au sein de la graine. Pour ces analyses, une technique de détection par chromatographie sur couche mince (CCM) sera  dévelopée.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques: familiarité avec les techniques de base de la biologie moléculaire et la biochimie, goût pour les techniques d’extraction et chromatographie des produits naturels. Le projet se déroulera au sein de l’INRA et en partie dans les locaux du département de Pharmacognosie de l’Univ. Bourgogne-Franche Comté.

 

 

 

Références bibliographiques et/ou brevets, site internet

 

1)         Noguero, M., Le Signor, C., Vernoud, V., Bandyopadhyay, K., Sanchez, M., Fu, C., Aubert, G., Torres-Jerez, I., Wen, J., Mysore, K. S., Gallardo Guerrero, K., Udvardi, M., Thompson, R., Verdier, J. (2015). . DASH transcription factor impacts Medicago truncatula seed size by its action on embryo morphogenesis and auxin homeostasis. Plant Journal, 81 (3), 453-466. DOI : 10.1111/tpj.12742

 

2)         Smykal, P., Vernoud, V., Blair, M. W., Soukup, A., Thompson, R. (2014). . The role of the testa during development and in establishment of dormancy of the legume seed. Frontiers in Plant Science, 5. DOI : 10.3389/fpls.2014.00351

 

3)         Atif, R. M., Boulisset, F., Conreux, C., Thompson, R., Ochatt, S. (2013). In vitro auxin treatment promotes cell division and delays endoreduplication in developing seeds of the model legume species Medicago truncatula. Physiologia Plantarum, 148 (4), 549 - 559. DOI : 10.1111/j.1399-3054.2012.01719.x

 

4)         Noguero, M., Atif, R. M., Ochatt, S., Thompson, R. (2013). . The role of the DNA-binding One Zinc Finger (DOF) transcription factor family in plants. Plant Science, 209, 32-45. DOI : 10.1016/j.plantsci.2013.03.016

 

5)         D’erfurth, I., Le Signor, C., Aubert, G., Sanchez, M., Vernoud, V., Darchy, B., Lherminier, J., Bourion, V., Bouteiller, N., Bendahmane, A., Buitink, J., Prosperi, J.-M., Thompson, R., Burstin, J., Gallardo, K. (2012). . A role for an endosperm-localized subtilase in the control of seed size in legumes. New Phytologist, 196 (3), 738-751. DOI : 10.1111/j.1469-8137.2012.04296.x


2 offres de stage à l'UMR Agroécologie, Pôle GEAPSI

Etablissement d’accueil : UMR Agroécologie, Pôle GEAPSI, 17 rue Sully, Dijon

 

Sujet de Stage 1

 

Intitulé du stage: Episodes de stress hydrique répétés chez le pois : existe-t-il un effet mémoire ?

 

Maître(s) de stage : Marion Prudent

Tel : 03 80 69 36 81

Fax : 03 80 69 32 63

E-mail: marion.prudent@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

Le changement climatique est devenu un enjeu majeur auquel l’agriculture doit faire face. Parmi les nombreuses modifications climatiques, la raréfaction de l’eau est un stress abiotique particulièrement important à prendre à compte, car il limite très fortement le rendement de nombreuses cultures, et en particulier celui des légumineuses. Un enjeu majeur en agroécologie serait de comprendre les mécanismes des plantes qui induisent une meilleure tolérance à des épisodes de stress hydriques répétés, notamment via l’enclenchement de mécanismes de priming (ou effet mémoire).

Pour ce faire, il s’agira dans un premier temps de participer à une expérimentation en serre au sein de la plateforme de phénotypage haut-débit (4PMI) consistant à évaluer le comportement de plantes de pois en réponse à des stress hydriques répétés (vis-à-vis de la croissance aérienne et racinaire des plantes, de l’acquisition de l’azote par la fixation symbiotique du N2 atmosphérique…). Puis, dans un deuxième temps, l’étudiant étudiera les échantillons prélevés au cours de l’expérimentation afin d’évaluer par mesure d’expression de gènes candidats (RT-PCR quantitative) si les plantes ayant subi un premier stress répondent de manière plus rapide ou plus intense à un deuxième épisode de stress hydrique.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques:Biologie moléculaire, étudiant motivé par la pratique expérimentale.  Patience et minutie sont recommandées pour la conduite de cette étude.

 

Sujet de Stage 2

 

Intitulé du stage: Caractérisation des exsudats racinaires de légumineuses et de la réponse phénotypique aérienne des plantes en conditions de stress hydrique.

 

Maître(s) de stage :    Christophe SALON

Tel: 03 80 69 32 38

Fax : 03 80 69 32 63

E-mail: christophe.salon@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

Le pôle GEAPSI dispose i) d’une plateforme (PF) de fluxomique qui permet de caractériser les flux d’éléments intra plantes et dans le continuum sol-plante-atmosphère et ii) d’une plateforme de phénotypage haut débit (Plant Phenotyping Platform for Plant and Microorganisms Interactions - 4PMI) basée sur la morphométrie par imagerie non invasive.

Ces plateformes sont des éléments essentiels pour les travaux concernant l’adaption des plantes aux contraintes a-biotiques, et en particulier telluriques.

Dans le cadre de travaux visant à caractériser les interactions entre plantes et microrganismes du sol et leurs modulations par les stress environnementaux abiotiques, le stagiaire aura, en co-construction partenariale du dispositif experimental avec les chercheurs impliqués, à répondre aux questions de recherches suivantes:

·       Comment caractériser la réponse aérienne de la plante au déficit hydrique par technique d’imagerie non invasive ?

o    Pour ce faire il collaborera avec les spécialistes en imagerie de la PF 4PMI qui utiliseront une caméra Infra Rouge. Il s’agira de caractériser la réponse phénotypique de la plante à une contrainte abiotique (déficit hydrique), d’évaluer la capacité de ces équipements à détecter des modifications du statut hydrique de plantes ;

·       Comment les liens trophiques entre légumineuses et leurs partenaires symbiotiques (e.g. rhizobium du sol), sont ils modulés ?

o    Dans ce volet complémentaire, il s’agira de mesurer la modulation des exsudats racinaires d’une légumineuse (modèle biologique choisi : le pois) en réponse à un déficit hydrique par fluxomique (i.e. traçage isotopique élémentaire).

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques: Sens de l’organisation, aptitude au travail en collectifs, bonnes bases en physiologie, biologie végétale.

 

 

Références bibliographiques et/ou brevets, site internet

 

1. Prudent M, Vernoud V, Girdodet S, Salon C. How nitrogen fixation is modulated in response to different water availability levels and during recovery: A structural and functional study at the whole plant level. Plant and Soil 399: 1-12, 2016

 

2. Noguero M, Le Signor C, Vernoud V, Bandyopadhyay K, Sanchez M, Fu C, Torres-Jerez I, Wen J, Mysore KS, Gallardo K, Udvardi M, Thompson R, Verdier J. DASH transcription factor impacts Medicago truncatula seed size by its action on embryo morphogenesis and auxin homeostasis. Plant Journal 81: 453-66, 2015

 

3. Prudent M., Salon C., Souleimanov A., Emery R.J.N., Smith L.D. Soybean is less impacted by water stress using Bradyrhizobium japonicum and thuricin-17 from Bacillus thuringiensis. Agronomy for Sustainable Development, 35: 749-757. 2015

 

4. Gallardo K, Courty PE, Le Signor C, Wipf D, Vernoud V. Sulfate transporters in the plant's response to drought and salinity: regulation and possible functions. Front Plant Sci. 5: 580, 2014

 

5. D'Erfurth I, Le Signor C, Aubert G, Sanchez M, Vernoud V, Darchy B, Lherminier J, Bourion V, Bouteiller N, Bendahmane A, Buitink J, Prosperi JM, Thompson R, Burstin J, Gallardo K. A role for an endosperm-localized subtilase in the control of seed size in legumes. New Phytologist196, 738-751, 2012


Stage à l'UMR Chono-Environnement (Besançon)

Etablissement d’accueil :        UMR Chono-environnement (Besançon)

Responsable :             Gudrun Bornette        

Coordonnées :            Tél: 03 81 66 65 63

                                   Fax: 03 81 66 57 97

 

Email: gudun.bornette@univ-fcomte.fr

 

Possibilités d’accueil: 1

 

Sujet de Stage 1:

 

Intitulé du stage: Rôle de la diversité photosynthétique dans l’organisation des communautés végétales aquatiques

 

 

Maître(s) de stage :

 

Fabienne Tatin-Froux

Tel: 03 81 66 57 65

Fax : 03 81 66 57 97

E-mail: fabienne tatin-froux@univ-fcomte fr

 

Julien Parelle

Tel: 03 81 66 57 11

Fax : 03 81 66 57 97

E-mail: julien parelle@univ-fcomte fr

 

Gudrun Bornette

Tel: 03 81 66 65 63

Fax : 03 81 66 57 97

E-mail: gudrun.bornette@univ-fcomte.fr

 

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

Les végétaux qui se développent en milieu aquatiques sont soumis à des contraintes fortes et originales : carence en carbone, en lumière, en oxygène, qui imposent des adaptations originales (métabolisme du carbone, transport d’oxygène dans la rhizosphère, etc). Par ailleurs, ces végétaux sont soumis aux mêmes contraintes que les végétaux terrestres, comme la présence de facteurs de stress ou de perturbations, qui les organisent en communautés stress-tolérantes, compétitives ou rudérales. La question posée dans le cadre de ce master est relative aux caractères photosynthétiques des végétaux aquatiques en fonction de leur stratégie biologique.

 

L’hypothèse posée est que la compétition pour la lumière serait un facteur important dans la structuration des communautés. L’investissement des plantes dans l’interception de la lumière, la photochimie, la carboxylation, la croissance et la reproduction devrait alors être différentes entre espèces rudérales, stress tolérantes et compétitives. Les espèces compétitives devraient investir dans la croissance et dans la maximisation de la photosynthèse, les espèces stress tolérantes devraient investir dans l’interception de la lumière et l’optimisation de l’utilisation des photons perçus. Les espèces rudérales devraient avoir un comportement intermédiaire afin d’atteindre très vite une maturité de reproduction, en investissant dans une photosynthèse élevée malgré le manque de lumière, sans développer de forte biomasse.

 

Le projet de M2 se propose de tester ces hypothèses en comparant, in situ,  la photosynthèse des espèces aquatiques différant selon leur stratégie adaptative ; Et en les mettant en relation avec les caractères biologiques (biomasse, teneur en eau, allocation aux organes, SLA, RGR). Comme ces espèces présentent une vitesse de renouvellement des feuilles très variable (de 2-3 semaines pour Berula erecta, jusqu’à plus de 10 mois pour Elodea canadensis), et une composition en pigments photosynthétiques également très variable, l’effet de l’âge des feuilles et de leur composition en pigments sur la photosynthèse sera appréhendé.  Enfin, ces espèces sont potentiellement sempervirentes, et l’objectif sera de comparer ces espèces durant un cycle annuel, à 4 dates de mesure, et de mesurer l’effet du rythme saisonnier sur leurs performances.

 

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques:

Le(la) candidat(e) retenu(e) devra présenter un intérêt fort pour l’écologie végétale et la compréhension des règles d’organisation des communautés végétales face aux contraintes environnementales. Le travail de M2 prendrait en considération idéalement 3 dates de mesure. Le stage débuterait dans ce cas en septembre pour la première mesure. Les dates peuvent être décalées en fonction des enseignements. Le travail débouchera potentiellement sur un sujet de doctorat.

 

 

Références bibliographiques et/ou brevets, site internet

 

-       https://chrono-environnement.univ-fcomte.fr/

 

-       De Wilde, M., Puijalon, S., Bornette, G. 2015. Physico-chemical consequences of water-level decreases in wetlands : patterns and underlying processes. Wetlands 35(4) : 683-694.

 

-       Grasset, C., Delolme, C., Arthaud, F., Bornette, G. 2015. Nutrient influence on aquatic plant chemical composition. Journal of Vegetation Science 26(5) : 946-955.

 

-       Assad M, Parelle J, Cazaux D, Gimbert F, Chalot M, Tatin-Froux F (2016). Mercury uptake into poplar leaves. Chemosphere 146, 1-7.

 

-       Tatin-Froux F, Capelli N, Parelle J. (2014) Cause–effect relationship among morphological adaptations, growth, and gas exchange response of pedunculate oak seedlings to waterlogging. Annals of Forest Sciences (2014) 71:363–369

 


2 offres de stages à Université de Lyon / CNRS / Bayer SAS

Etablissement d’accueil : Laboratoire Mixte Université Lyon 1 / CNRS / BAYER SAS         

                                    au sein de l’UMR5240 « Microbiologie, Adaptation et Pathogénie »

Responsable : Dr. Nathalie POUSSEREAU

Coordonnées :            Tél: 04 72 85 22 84 ; 04 72 44 85 43

Fax:

Email: nathalie.poussereau@univ-lyon1.fr

 

Possibilités d’accueil:

 

Sujet de Stage 1:

Intitulé du stage: Du développement d'une nouvelle approche à la découverte de nouveaux facteurs contrôlant la pathogénie fongique

 

Maître(s) de stage :    Dr. Dominique LOQUE & Pr. Christophe BRUEL

Tel: 04 72 44 82 67 ou 04 72 44 81 93

Fax : 04 72 43 26 86

 

E-mail: dominique.loque@univ-lyon1.fr ; christophe.bruel@univ-lyon1.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

La croissance des plantes conditionne de nombreux aspects de nos sociétés comme l'alimentation, la production de bio-énergie ou la production de molécules d'intérêt. Une des menaces majeures en agriculture est liée aux différentes maladies des plantes qui sont responsables en moyenne de 20% de perte de rendement à l'échelle planétaire (Scott 2005). Le champignon pathogène Botrytis cinerea, par exemple, est capable de causer la maladie de la pourriture grise chez plus de 200 espèces de plantes, y compris chez plusieurs espèces de fruits et de légumes, et est responsable à lui tout seul de 30% des pertes annuelles dans la production de fraises (Mertely et al., 2000). Alors qu'il existe une demande de stratégies nouvelles, rapides et efficaces pour limiter les maladies (à l'aide de molécules actives, de croisements génétiques ou des biotechnologies), la faible connaissance des mécanismes moléculaires impliqués dans l'interaction entre la plante et le pathogène constitue un des facteurs limitants pour y parvenir. Le projet que nous proposons est centré sur le développement d'une nouvelle approche moléculaire permettant d'identifier des éléments clés de la virulence des champignons pathogènes. Nous utiliserons le modèleB. cinerea pour mettre au point une stratégie de manipulation de l'expression des gènes fongiques et pour ensuite optimiser le système et le rendre compatible avec un criblage à haut débit. Au-delà de la connaissance scientifique, le projet représente une opportunité particulière d'apprendre une diversité de techniques de pointe en biologie moléculaire et la manipulation des concepts relatifs au contrôle de l'expression génique. Il représente également une opportunité de se familiariser avec la transformation des champignons filamenteux et d'acquérir un peu d'expérience en microscopie.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques:

 

Sujet de Stage 2

 

Intitulé du stage: Chitine et camouflage moléculaire chez le champignon phytopathogène Botrytis cinerea

 

Maître(s)  de stage :   Dr. Mathias CHOQUER & Pr. Christophe BRUEL

Tel: 04 72 85 22 82 ou 04 72 44 85 43

Fax :

E-mail: mathias.choquer@univ-lyon1.fr ;  christophe.bruel@univ-lyon1.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

La paroi des champignons, enveloppe fibreuse de chitine, glucanes, et autres polysaccharides interconnectés, est un exosquelette assurant un rôle de support de la forme cellulaire et un rôle de protection vis à vis de l’environnement. Chez les champignons phytopathogènes, la paroi est également la zone de contact avec les plantes qu’ils parasitent et elle se retrouve donc au cœur d’un véritable dialogue moléculaire. Au cours de l’interaction, certains de ces champignons sécréteraient des enzymes appelées chitine déacétylases (CDA) et dont l'action conduirait à un décapage superficiel de la chitine contenue dans leur propre paroi. Cette déacétylation convertirait la chitine en chitosan, un dérivé peu hydrolysable par les chitinases de la plante ce qui permettrait de « camoufler » la chitine et d’empêcher ainsi l’induction de l’immunité chez la plante hôte. Des analyses transcriptomiques réalisées dans notre laboratoire ont montré une induction de l’expression de trois gènes encodant des CDA lors de la phase précoce de l’infection du champignon nécrotrophe Botrytis cinerea sur baie de raisin ou bien au moment de la différenciation des structures infectieuses responsables de la pénétration dans les plantes. Notre projet vise donc à étudier si la déacétylation de la chitine joue un rôle dans le pouvoir pathogène de B. cinerea, agent responsable de la pourriture grise sur plus de 200 plantes dicotylédones, la plupart d’intérêt agronomique (vigne, framboises, fraises, tomates, plantes maraîchères…). Le travail de l’étudiant(e) en Master consistera à supprimer les gènes Cda afin d’analyser l’impact de ces délétions sur la croissance des mutants et leur pathogénie sur différentes plantes hôtes. La composition en chitine et en chitosan pourra être observée au microscope confocal à l’aide de marqueurs fluorescents spécifiques. Ce travail permettra de valider si les chitine déacétylases peuvent représenter une cible antifongique potentielle.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques:

 

 

Références bibliographiques et/ou brevets, site internet

 

Kelloniemi J, Trouvelot S, Heloir MC, Simon A, Dalmais B, Frettinger P, Cimerman A, Fermaud M, Roudet J, Baulande S, Bruel C, Choquer M, Couvelard L, Duthieuw M, Ferrarini A, Flors V, Le Pecheur P, Loisel E, Morgant G, Poussereau N, Pradier JM, Rascle C, Trda L, Poinssot B, Viaud M (2015), Analysis of the Molecular Dialogue Between Gray Mold (Botrytis cinerea) and Grapevine (Vitis vinifera) Reveals a Clear Shift in Defense Mechanisms During Berry Ripening, Molecular plant-microbe interactions: MPMI, vol. 28 pp.1167-1180.

 

Tauati SJ, Pearson MN, Choquer M, Foster GD, Bailey AM (2014), Investigating the role of dicer 2 (dcr2) in gene silencing and the regulation of mycoviruses in Botrytis cinerea, Microbiology, vol. 83 pp.140-148

 

Landraud P, Chuzeville S, Billon-Grand G, Poussereau N, Bruel C (2013), Adaptation to pH and Role of PacC in the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae, PLoS ONE, vol. 8.

 

Morcx S, Kunz C, Choquer M, Assie S, Blondet E, Simond-Cote E, Gajek K, Chapeland-Leclerc F, Expert D, Soulie MC (2013), Disruption of Bcchs4, Bcchs6 or Bcchs7 chitin synthase genes in Botrytis cinerea and the essential role of class VI chitin synthase (Bcchs6), Fungal Genetics and Biology, vol. 52 pp.1-8.

 

Antal Z, Rascle C, Cimerman A, Viaud M, Billon-Grand G, Choquer M, Bruel C (2012), The Homeobox BcHOX8 Gene in Botrytis Cinerea Regulates Vegetative Growth and Morphology, PLoS ONE, vol. 7


2 offres de stages à l'UMR Agroécologie, Pôle GEAPSI

Etablissement d’accueil :        UMR Agroécologie, Pôle GEAPSI, 17 rue Sully, Dijon

Equipe FILEAS (FILing – Abiotic Stresses) aux recherches centrées sur l’amélioration du potentiel de rendement et de qualité des graines de pois.

 

Responsable équipe FILEAS: Richard Thompson et Karine Gallardo

                       

Coordonnées :            Tél: Tél. : 33 80 69 33 91

Fax: 33 80 69 32 63

Email:richard.thompson@dijon.inra.frkarine.gallardo@dijon.inra.fr

 

Possibilités d’accueil: 2 (financements acquis)

 

Sujet de Stage 1:

 

Intitulé du stage: Role des strigolactones dans la réponse du pois au stress hydrique

 

 

Maître(s) de stage : Vanessa Vernoud

Tel:03 80 69 32 54

Fax : 03 80 69 32 63

E-mail: vanessa.vernoud@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

Il aura pour but d’étudier le rôle des strigolactones dans la réponse du pois au stress hydrique par l’analyse moléculaire et phénotypique de mutants de la voie de biosynthèse et de signalisation de cette hormone.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques: Biologie moléculaire et végétale, gout du travail en équipe

 

 

Sujet de Stage 2

 

Intitulé du stage: Validation de réseaux géniques connectant la nutrition soufrée à la réponse des plantes au stress hydrique

 

Maître(s) de stage : Karine Gallardo

Tel : 03 80 69 33 91

Fax : 03 80 69 32 63

E-mail: karine.gallardo@dijon.inra.fr

 

Résumé des travaux à effectuer (contexte, objectifs, méthodes, 10-20 lignes):

 

Il consistera à valider par RT-PCR quantitative l’expression de gènes révélés par les approches omiques (dans les échantillons utilisés pour les réseaux géniques et chez des génotypes contrastés pour la tolérance aux stress) et à rechercher par TILLING des mutants pour ces gènes.

 

Aptitudes recherchées, conditions pratiques: Biologie moléculaire et végétale, gout du travail en équipe

 

 

Références bibliographiques et/ou brevets, site internet

 

1. Prudent M, Vernoud V, Girdodet S, Salon C. How nitrogen fixation is modulated in response to different water availability levels and during recovery: A structural and functional study at the whole plant level. Plant and Soil 399: 1-12, 2016

 

2. Noguero M, Le Signor C, Vernoud V, Bandyopadhyay K, Sanchez M, Fu C, Torres-Jerez I, Wen J, Mysore KS, Gallardo K, Udvardi M, Thompson R, Verdier J. DASH transcription factor impacts Medicago truncatula seed size by its action on embryo morphogenesis and auxin homeostasis. Plant Journal 81: 453-66, 2015

 

3. Gallardo K, Courty PE, Le Signor C, Wipf D, Vernoud V. Sulfate transporters in the plant's response to drought and salinity: regulation and possible functions. Front Plant Sci. 5: 580, 2014

 

4.Zuber H, Poignavent G, Le Signor C, Aimé D, Vieren E, Tadla C, Belghazi M, Labas V, Santoni A-L, Wipf D, Buitink J, Avice J-C, Salon C, Gallardo K. Legume adaptation to sulfur deficiency revealed by comparing nutrient allocation and seed traits in Medicago truncatula. Plant Journal 76, 982-96, 2013

 

5. D'Erfurth I, Le Signor C, Aubert G, Sanchez M, Vernoud V, Darchy B, Lherminier J, Bourion V, Bouteiller N, Bendahmane A, Buitink J, Prosperi JM, Thompson R, Burstin J, Gallardo K. A role for an endosperm-localized subtilase in the control of seed size in legumes. New Phytologist196, 738-751, 2012






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